В «Независимой газете» в июне 2019 года вышла статья политолога Олега Бондаренко, в которой он «в категоричной форме» выступил с необоснованными обвинениями в адрес ПАО «Транснефть». Реагируя на этот материал, нефтяная компания обратилась в суд с иском о защите деловой репутации. Суды первой и апелляционной инстанции подтвердили правоту «Транснефти», обязав «Независимую газету» выполнить ее исковые требования. Решение этих судов было подтверждено и Судебной коллегией Арбитражного суда Московского округа.
Решение суда обязывало ответчиков в лице «Независимой газеты» удалить с их сайта вызвавший споры материал, а также выплатить ПАО «Транснефть» компенсацию в размере 1500000 рублей. Еще в ноябре прошлого года (после суда первой инстанции) издание выполнило эти требования. Кроме того, «Независимой газетой» было опубликовано опровержение недостоверных сведений, которые были изложены в материале Олега Бондаренко.